1.胶质芽孢杆菌能分泌生长素物质和赤霉素物质等促生长物质，增根壮苗，直接增强植株抗旱能力。
胶质芽孢杆菌的菌体内和发酵液中存在着生长素物质和赤霉素物质，该菌在发酵液中细胞分裂素含量达36毫克/升、赤霉素含量达348毫克/升、吲哚乙酸为38微克/毫升。其共同作用对作物产生刺激作用，增根壮苗，促进作物生长，增强了植株抗逆性。
2.胶质芽孢杆菌能分解土壤里硅元素供植物利用，使得植物的蜡质层增厚，提高植物保水能力。
胶质芽孢杆菌通过菌体细胞在种子或作物根系周围生长繁殖，在其代谢过程中产生大量的有机酸和酶，使土壤中难溶的硅铝酸盐等矿物分解，K、P、Si、Mg、 Zn等以离子形式释放出来，供植物根系吸收、利用。硅酸盐菌在土壤中生长、繁殖，分解土壤中偏硅酸盐等不溶性矿物质，使得植物能够从土壤中摄取大量的硅，从而使得植物的蜡质层增厚，提高植物的非特异性免疫能力和保水能力。
3.胶质芽孢杆菌能促进土壤团粒结构形成，防止土壤板结；破坏土壤毛细现象，防止土壤水分蒸发。
