抗生素虽然减少了可以观察到的细菌、酵母等微生物的污染机会，却会增加支原体、病毒等隐性污染的机会。
因为细胞培养中污染主要来源于空气中的微粒和汽雾，而这些微粒和汽雾可以同时携带支原体、病毒和其他微生物。当抗生素使用时，可见污染被抑制而隐性污染又没被注意到，这样支原体、病毒等隐性污染的机会反而增加了。Barile的一项研究显示72%持续使用抗生素培养的细胞有支原体污染，而不使用抗生素培养的细胞支原体污染的比例只有7%。
反过来如果不使用抗生素，支原体、病毒的污染往往会伴随细菌和酵母等的污染。由于细菌和酵母等的污染很容易观察到，污染细胞的及时清理就大大减少了支原体、病毒的污染机会。
潜在的支原体、病毒的污染会带来很大的危害。这些微生物的存在会影响细胞的理化性质，从而使研究者得到错误的实验结果。在严重的情况下，甚至使一个实验室数年的研究白白浪费。
由于过滤技术的提高和超净台质量的改进，在规范的细胞培养操作过程中引进污染的机会已经被大大降低了。所以比较合理的建议是，在常规的细胞培养中不要使用抗生素。只有在培养污染源很多（比如组织培养），或者培养非常珍贵的细胞株时才使用抗生素。
