在以往的食品检测中，企业一般按照国标《计数抽样检验程序》的抽样规则制定抽样计划，检测微生物、理化等指标。根据不同产品的性质、项目的要求、检测项目的风险水平，制定不同的抽样水平，而在新版的在微生物检验国家标准中采用二三级采样方案：
（1）目前的食品安全标准中二三级抽样方案的N采样数仅为1或者5，所以，对于一个大批次生产的样品（几千或几万件甚至更高），明显不能代表整体样本水平。所以企业在实行新的4789标准时，我个人建议更合理的方法是按《计数抽样检验程序》对产品不同项目制定不同抽样水平，进行抽样(以A表示)，然后从该抽样的样本中抽取N（A＞N）,才比较合理。
（2）因为三级采样方案较二级采样方案，多了个m＜n＜M，有更多的“缓冲”空间。所以二级采样方案要严格于三级采样方案，所以控制菌（致病菌）基本都用二级采样方案，其他微生物限度均采用三级采样方案，当然也有例外，见下图（GB 29921-2013 食品中致病菌限量）。
2、样品的储存于运输的叙述不够详细
GB 4789.2 总则中关于贮存和运输的描述：
描述不够细致，没有针对各类情况进行分析；
2.1一般样品在24~36h内应该进行检测，海鲜类样品应该在6h内进行检测；
2.2容易腐烂的样品应在0~4℃下进行保存；
2.3取样时，样品袋（容器）尽量排挤空气后封口储存，必要时再套一层样品袋（容器），确保密封状态，以防交叉污染。
3、样品的前处理不够细致
3.1样品无法均质的。如含果胶类，怎样进行科学处理；
3.2样品像速冻米面制品，速冻粽子、包子之类的。取样时如进行解冻，解冻多长时间，时间长短是否有影响。如不进行解冻，如直接用电钻取，怎么保证取样的科学性等等；
3.3样品本身呈细酸性或碱性的。会影响培养基的PH值，影响结果的科学性，怎么进行科学处理？
4、检测方法
4.1菌落总数
（1）新版中国药典2015版已经参照国际标准，将“菌落总数”更正为“需氧菌总数”(美国药典：Total Aerobic Microbial Count)；
（2）按国家标准方法规定（如GB 4789.2），菌落总数是指在一定条件下，能在营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数。**整个检验、培养过程在非厌氧条件下进行**；
（3）而厌氧（如梭菌的检测、培养全程在厌氧培养箱里<充满氮气>操作）或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长；
（4）因此，菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，所以更正为“需氧菌总数”更为贴切。
4.2不同食品有不同的国标，微生物检测标准未能统一。
5、 计数
无特殊情况的处理方式。部分保健食品，样品配料成分复杂，有些成分不溶解，呈白色至浅黄色微颗粒状，容易与琼脂中的菌落混淆，造成计数困难。
6、 实验室管理或规范
6.1一次性口罩的规范佩戴
佩戴口罩相信对很多从事微生物检验的人员来说并不陌生。但往往简单的事，却很多人做不好，或并不重视。通常佩戴的口罩都为一次性口罩，且很多口罩为了方便佩戴正反两面颜色有深浅区分，但也有一部分口罩两面颜色一致，很多人就傻傻分不清楚。
关键点：
（1）有金属线（鼻夹条）的一侧在上时，且中间的3条折口应向下，该面为外侧面（见图一）。
（2）上端将金属线捏在鼻梁上，同时，口罩下端往下拉并护住下巴！这样才能最大限度保证不会交叉污染，且在口鼻微动过程中，口罩不至于下滑。而且对于近视的同仁，这样呼出的气才不会将眼镜模糊！
