以微生物菌剂为代表的微生物肥料被列入国家“十三五”生物产业发展重点产品。在国家宏观层面“减肥减药”、“化肥零增长”、“农业可持续发展”和“生态农业”等国家需求，离不开微生物肥料产业的发展，可以说市场发展前景看好。但微生物菌剂产品田间效果稳定性需要提高，由于土壤环境的复杂，微生物菌剂在根际的存活与竞争定植规律以及与植物根系分泌物互作过程等还需要进一步研究，微生物菌剂产品实际应用过程中会出现这样那样的问题，甚至给农业生产造成损失。
微生物菌剂发展趋势分析认为，以后的发展，随着国内农业种植结构不断调整变化，消费群体在变化，消费者越来越重视农产品质量和安全，所以以后绿色农业、生态农业、有机农业越来越受市场欢迎，这是个趋势。以后既要发展现代高效环保农业，还要保障，微生物菌剂在增产提质、改良修复土壤、降低环境污染，保持现正农业高效可持续发展，肯定会发挥出其巨大价值和贡献，这将是一块巨大的市场。
微生物菌剂应用技术在当前的环境下而言，仍然需要我们继续研究。化学和生物其实可以很好的配合，你必须要掌握规律，懂得怎么用，降低花费使用量，保护农田的生态环境，把它作为最好的生存土样提供给植物，植物才能健康的长起来。 不同区域适应的微生物群种是不一样的，在我们现在的产业化中是做不到这样的，目前还没有办法精细到地区。有进步的是，现在农民已经有菌肥的概念，已经知道土壤必须要用菌肥调节。
分析微生物菌剂发展趋势，挖掘、筛选、拓展新的功能性菌种，选育具有作物亲和性、地域性、针对性、适应性、生产性优良的菌种，实现应用效果的稳定。重视菌种资源多功能性研究与高含量菌剂的开发，菌种的良好抗逆性（耐干燥、耐酸碱、耐盐分、耐储藏、耐低温、耐高温）是实现功能性微生物菌剂成功产业化的关键因素。 要长远发展，必须创新求发展，由单一菌种单一功能向复合微生物菌群多功能性方向发展，由阶段性向全生育期应用转变。
