分别采集健康人群和疾病人群的粪便样本，比较健康组和疾病组之间肠道菌群的差异，寻找与疾病相关的marker，这是目前最典型的研究方法；
（2）研究药物或饮食干预群体的肠道菌群：
分别采集药物或饮食干预前、后的群体的粪便样本，比较个体在不同干预阶段的肠道菌群的差异；
（3）同一群体、不同生长发育时期的肠道菌群：
如分别采集婴儿出生后0个月、4个月、12个月等时间的粪便样本，对婴幼儿的肠道菌群进行研究；
（4）研究某一疾病发生发展进程中的群体的肠道菌群：
如分别选择健康人、结直肠腺瘤患者（大部分的结直肠癌由腺瘤演变而来）、结直肠癌患者群体，研究与结直肠癌疾病进程相关的marker；
（5）研究同一群体多个身体部位的微生物：
如分别选取同一人群的粪便、唾液、牙菌斑等样本进行关联分析。
