关于保健食品原料的相关规定主要参考卫法监发[2002]51号文件（《卫生部关于进一步规范保健食品原料管理的通知》），该文件规范了保健食品原料管理。
通过对文件的研读，我们知道保健食品的原料应包括以下内容：
（1）87种既是食品又是药品的物品和114种可用于保健食品的物品；
（2）食品添加剂；
（3）《可用于保健食品的真菌菌种名单》中的菌种11种；
（4）《可用于保健食品的益生菌菌种名单》的菌种10种；
（5）人工驯养繁殖或人工栽培的国家二级保护野生动植物及其产品（提供省级以上农业（渔业）、林业行政主管部门的批准文件）；
（6）国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物及其产品（提供省级以上农业（渔业）、林业行政主管部门依据管理职能批准的开发利用的证明）；
（7）中华人民共和国林业植物新品种保护名录中植物及其产品（提供该种植物品种权所有人许可使用的证明）；
（8）人工栽培的甘草、麻黄草、苁蓉和雪莲及其产品（提供原料来源、购销合同以及原料供应商出具的收购许可证）；
（9）我国新研制、新发现、新引进的无食用习惯或仅在个别地区有食用习惯的物品（按《新资源食品卫生管理办法》的有关规定执行）；
（10）两个名单之外的药典中其他药材；
（11）普通食品（包括食品营养强化剂、或卫生部公告名单中的食品添加剂新品种）。
另外，通过其他文件或法规，保健食品的原料还包括：
（12）2014年卫计委发布了征求《按照传统既是食品又是中药材物质目录管理办法》(征求意见稿)意见的函，新增加的包括人参、山银花、玫瑰花、夏枯草等15种药食同源原料；
（13）卫生部批准的食品新资源、新资源食品或新食品原料；
（14）一些列入药典，可用于药品，但不具有功效的辅料，如赋形剂、填充剂等；
（15）其他一些经过批准可以作为保健品原料的物质，如褪黑素、核酸、螺旋藻等。
目前，我国所上市的保健食品以及正在研发的保健食品原料均属于以上范畴。
在明确了保健是可选用原料的范围之后，设计配方时还有很多需要注意的地方，如51号文件第五条规定：申报保健食品中含有动植物物品（或原料）的，动植物物品（或原料）总个数不得超过14个。如使用附件1之外的动植物物品（或原料），个数不得超过4个；使用附件1和附件2之外的动植物物品（或原料），个数不得超过1个，且该物品（或原料）应参照《食品安全性毒理学评价程序》（GB15193.1-1994）中对食品新资源和新资源食品的有关要求进行安全性毒理学评价。
另外，在配方设计时还应注意不能存在有配伍禁忌的情况，在配方中使用到某些原料时还会有特殊的规定，如国食药监注[2005]202号文件《氨基酸螯合物等保健食品申报与审评规定（试行）》第四条规定，以褪黑素为原料生产的保健食品，产品配方中除褪黑素和必要的辅料（赋形剂）外，不得添加其他成分（维生素B6除外），褪黑素的纯度应达到99.5%以上，食用量为1～3mg/日，申报的保健功能暂限定为改善睡眠。
除以上注意事项外，保健食品的原料也都应按照对应的标准执行，关于药食同源的药材也同样面临着双标准的问题，作者本人的观点认为，保健食品原料选择的依据是原料的功能性及生物活性，从这个角度出发，药食同源的药材应尽量符合药品标准（即药典标准），其配方用量也应参照药典标准的每日服用量进行设计，不得超过最高限量。
