栽培种的质量主要看菌种的长相和活力、是否老化、有没有污染和螨害，对于购买栽培种的菇农，拿到菌种后首先看标签上的接种日期，看是否老化；如在正常菌龄内，再将菌龄与外观联系起来判断菌种质量。然后仔细观察棉塞和整个菌体，看是否有霉菌污染和螨害，最后看长相，看是否有活力。是否有霉菌主要通过感官鉴别：
（1）长相和活力 优质菌种外观水灵、鲜活、饱满，菌丝旺盛、整齐、均匀（蜜环菌除外）这是菌丝细胞生命力强、有较强生长势的表现，是品种种性优良、菌种优质的重要标志。相反，则表明该品种已老化，不宜投入生产使用。
（2）老化 老化菌种的特征是外观发干，菌丝干瘪，甚至表面出现菌皮，或有粉状物，菌体干缩，与瓶（袋）分离，还可能有黄水。
（3）污染 污染有两种情况，一是霉菌污染，而是细菌污染。霉菌污染比较易于鉴别，污染菌种的霉菌孢子几乎都是有色的，常见颜色有绿、灰绿、黑、黑褐、灰、灰褐、橘红等。有时霉菌污染后又被食用菌菌丝盖住，这种情况下仔细观察可以见到浅黄色的拮抗线。细菌则较难鉴别。细菌污染不像霉菌那样菌落长在表面，一看便知，而是分散在料内。有细菌污染的菌种外观不够白、甚至灰暗，菌丝纤细、较稀疏，不鲜活，常上下色泽不均一，上暗下白，打开瓶塞菇香味很淡。
（4）螨害 在我国南方，菌种的螨害时常发生。螨害主要来自培养场所的不洁，菌种培养期从瓶（袋）口向里钻，咬食菌丝。有螨危害的菌种在瓶（袋）内壁可见到微小的颗粒，小得像粉尘，菌种表面没有明显的菌膜，培养料常呈裸露状态。肉眼观察不清时可以用放大镜仔细观察。
劣质菌种首先表现为外观形态不正常，如表面皱缩，不平展，不舒展，长速变慢；气生菌丝雪花状、粉状、凌乱、倒伏，生长势变弱；有的是气生菌丝变多、变少或没有；菌丝不是正常的白色，而是呈现微黄色、浅褐色或其他色泽，或由鲜亮变暗淡；有的分泌色素吐黄水；菌体干缩、色泽暗淡、上下色泽不一致、表面有原基或小菇也是劣种的表现。
