1.薄层色谱法
薄层色谱法是一个比较传统的检测方法， GB5009.23和5009.24中均采用了这个方法。方法相对已经陈旧，虽然设备简单，但是操作起来繁琐复杂，对实验人员危害也比较大，干扰大而且准确性低。
2.高效液相色谱法
HPLC是一般有机化学实验室常见的检测仪器。 摸索好流动相和柱温等条件后， 采用反相
C18柱即可实现多种黄曲霉毒素的分离，用荧光检测器进行检测。HPLC的自动化程度高，简单高效，且对不同种类的黄曲霉毒素分离度很好。但是由于遇水有荧光猝灭现象的存在，黄曲霉毒素B1/G1的灵敏度偏低，会影响分析结果。目前一般都是在HPLC中加入柱后衍生装置来提高灵敏度。
3.微柱筛选法
微柱不能分离不同的黄曲霉毒素， 因此微柱筛选法适用于只需检测黄曲霉毒素的总量大小，而不能分别检测。GB/T 2009.23的第二种方法对此有所介绍。
4.酶联免疫法
该方法特异性强，很适合大批量快速检测是否超标，对超标的样品再进行定量检测。其缺点就是酶本身的不稳定性，复杂样品比较容易受到干扰。GB/T 17480和NY/T 1664使用的就是此种方法。
5.胶体金法
胶体金法实际上也属于一种免疫化学分析法。该方法检测快速，适用于现场测试和进行大量样品的初选。NY/T 2550、2547等快速筛查标准都是采用的这个方法。
