色谱柱是整个色谱仪的核心。在气相色谱分析时，色谱柱的选择决定了一个分析方法的成败，在选择时需要考虑待测组分的性质、实验条件（如柱温、柱压的模式，高低）等。气相色谱分为气固色谱和气液色谱，将气相色谱柱分为毛细管色谱柱和填充色谱柱。
毛细管色谱柱和填充色谱柱，在分析工作中应该怎样选择呢？
气固色谱中采用固体吸附剂作为固定相，其分离主要是基于吸附原理；而气液色谱中则采用液体作为固定相，其分离主要基于分配原理。在日常分析行业中有部分人员认为气固色谱就是填充柱色谱，气液色谱就是毛细管色谱，这是不正确的理解。
气固色谱和气液色谱都可以是填充柱色谱，也都可以是毛细管色谱。填充气固色谱柱其固定相为颗粒状的固体吸附剂，而填充的气液色谱柱其固定相为涂敷在惰性固体颗粒（载体或称担体）上的固定液液膜。毛细管气固色谱柱一般专指多孔层开管柱（PLOT），其内壁上仅涂渍有一层多孔性吸附剂微粒。其它各类毛细管色谱柱均属于气液色谱。
与填充气相色谱柱相对应的是毛细管色谱柱。这两者之间的区别是固定相的装载方式不同，填充色谱柱中，固定相一般为柱内装载方式填料；而毛细管色谱柱中固定相则是涂敷或化学交联于毛细管的内壁上。
填充柱和毛细管柱的区别
相对于填充柱来说，毛细管柱一般具有更高的分离效能，其根本原因如下
a毛细管柱内径较小，一般为0.1～0.7mm，内壁固定液膜极薄，中心是空的，故阻力很小，而且涡流扩散项不存在，谱带展宽变小。由于毛细管柱的阻力很小，其长度可为填充柱的几十倍，其总柱效比填充柱高得多。一般来说，一根30m长的毛细管柱很容易达到十万及以上的总理论塔板数，而一根3m长的填充柱却最多只有5000左右的总柱效。
b毛细管柱的分析速度约为填充柱的数十倍。它可在1小时内分离出包含一百多种化合物的成分；可在几分钟内分离十几种化合物。所以毛细管色谱柱对于复杂的样品分离更为有利。
c毛细管柱也有其局限性。因其内径小，柱容量小，且对进样技术的要求更高，载气流速的控制要求更为精确。对检测器的灵敏度要求就更高。在进行简单的永久气体分析和低分子量有机化合物分析时，建议采用填充气相色谱柱。
目前填充色谱柱的应用，已经越来越多的被毛细管色谱柱所代替。在实际GC分析中，90%以上均为毛细管色谱柱。甚至在进行永久气体分析上，填充柱也逐渐被PLOT柱所取代。
