流动相内有气泡，关闭泵，打开排空阀，按PURGE键清洗脱气，气泡不断的从过滤器冒出，进入流动相，无论打开PURGE键几次，都无法清除不断产生的气泡。
原因：
过滤器长期沉浸于水液内，过滤头内部由于霉菌的生长繁殖，形成菌团阻塞了过滤器，缓冲液难以流畅的通过过滤头，空气在泵的压力下经过过滤器进入流动相.处理过滤头浸泡在5%的硝酸溶液内，超声清洗十五分钟即可；亦可将过滤头浸泡在5%的硝酸溶液中12～36小时，轻轻震荡几次，再将过滤器用纯水清洗几次，打开排空阀，打开PURGE键清洗脱气如仍有气泡不断从过滤器冒出，继续将过滤器浸泡在5%硝酸溶液中，如没有气泡不断从过滤器冒出,说明过滤器内部的霉菌菌团以被硝酸破坏,流动相可以流畅的通过过滤器，打开排空阀，打开泵流速调治1.0～3.0mL/min，纯水冲洗过滤器1小时左右，即，可将过滤器清洗干净。关闭泄压阀，纯甲醇冲洗半小时即可。
故障2：
柱压高；
原因：
(1)缓冲液盐份如，乙酸铵等，沉积柱内；
(2)样品污染沉积：
处理对于第一种情况先用40～50度的纯水，低速正向冲洗柱子待柱压逐渐下降后，相应的提高流速冲洗柱压大幅度下降后，用常温纯水冲洗，之后用纯甲醇冲洗柱子30分钟，对于第2种情况，由样品的沉积引起污染的C18柱，和纯水反向冲洗柱子，然后换成甲醇冲洗，接着用甲醇+异丙醇[4+6]冲洗柱子[冲洗时间的长短由样品的污染情况而定]，在用换成甲醇冲洗，然后用纯水冲洗，最后甲醇冲洗，正向冲洗柱子30分钟以上。
故障3：既无压力指示又无液体流过
原因：
1.泵密封垫圈磨损；
2.大量气体进入泵体：
处理对于第一种情况,更换密封垫圈，对于第二种情况,在泵作用的同时，用一个50mL的玻璃针筒在泵的出口处不帮助抽出空气。
故障4：压力波动大，流量不稳定。
原因：
系统中有空气或者单向阀的宝石球和阀座之间家有异物，使得两者不能密封；
处理：工作中注意流动相的量，保证不锈钢滤器沉入储液器瓶底，避免吸入空气，流动相要充分脱气，如，为单向阀和阀座之间夹有异物，拆下单向阀，放入盛有丙酮的烧杯用超声波清洗。
故障5：
出峰不准，峰分叉。
原因：
(1)色谱柱被污染；
(2)柱头填料塌陷：
处理对于第一种情况,先用纯水反向冲洗柱子，然后换成甲醇冲洗,接着用甲醇+异丙醇(4+6)冲洗柱子(冲洗时间的长短由样品污染的情况而定)，再换成甲醇冲洗，然后，再用纯水冲洗，最后甲醇冲洗正向冲洗柱子30分钟以上，如，冲洗后依然出峰不佳，则考虑第二种情况。对于第二种情况，拧开柱头，检查柱填料是否硬结或塌陷，去除硬结部分(污染的填料)，装入新填料，滴一滴甲醇，填料下陷，再填，用与助内径相同的顶端平滑的不锈钢杆压紧，再填平，滴甲醇，再压紧反复几次，直至装满填平。柱头用甲醇冲洗干净，擦净柱外壁的填料，拧紧柱头，用纯甲醇冲洗30分钟以上。
故障6：
峰面积重复性不佳。
原因：
（1）进样阀漏夜；
（2）加样针不到位：
处理：
对于第一种情况更换进样垫圈；对于第二种情况保证加样针插到底，注射样品溶液后须快速，平稳地从LOAD状态转换到INJECT状态，以保证进样量的准确。日常生活中，液相色谱仪的保养非常重要，如要注意不要让空气进入输液系统和高压泵中，储液器内的溶液如时间未用应清洗储液器并更换溶液，每次用完色谱仪后缓冲溶液要用纯水冲洗干净，防止无机盐析出或沉积；样品的前处理也很重要，任何样品都要尽可能地去除杂质，完全溶解，尽量减少对色谱柱的污染，以延长色谱住的使用寿命，同时，避免注射过量浓的样品溶液，以免残留液在进样阀内析出固体引起堵塞；色谱住作好标记，用于不同分析目的的色谱住不要混用等。
