分子失去一个电子而生成的离子称为分子离子或母离子，相应的质谱峰称为分子离子峰或母峰。
特点：
分子离子峰通常出现在质荷比最高的位置，存在同位素峰时例外。
稳定性取决于分子结构，芳香族、共轭烯烃等强，脂肪醇、胺、硝基化合物很弱甚至不出现。
分子离子峰左边3-14原子质量单位范围内一般不可能出现峰，因为同时使一个分子失去三个氢原子几乎不可能，而能失去的最小基团通常是甲基，即(M－15)+峰。
凡是分子离子峰应符合“氮规则”。氮规则表明相对分子质量为偶数的有机化合物一定含有偶数个氮原子或不含氮原子；相对分子质量为奇数的，则只能含奇数个氮原子。
主要用途是确定化合物相对分离质量
当分子离子峰不出现时，可以采用以下办法：
a.降低电子轰击的能量，可以减少分子离子进一步裂解的可能性，从而增强分子离子峰。
b.更换其它离子源。
c.采用化学衍生化的方法，使化合物（如醇）转变成稳定的衍生物（如酯）。
