离子阱（Ion trap）：由一对环形电极（ring electrod）和两个呈双曲面形的端盖电极（end cap electrode）组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压，上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值，离子进入不稳定区，由端盖极上的小孔排出。因此，当射频电压的最高值逐渐增高时，质荷比从小到大的离子逐次排除并被记录而获得质谱图。离子阱质谱可以很方便地进行多级质谱分析，对于物质结构的鉴定非常有用。
离子阱（Ion trap），大致分为三维离子阱（3D Ion Trap）、线性离子阱（Linear Ion Trap）、轨道离子阱（Orbitrap）三种。除轨道离子阱外，离子阱使用电磁场将离子限定在特定的空间内，通过改变电场的参数，使特定的离子进入不稳定状态，最终导致离子从预留的孔或窄缝中射出到达检测器。除轨道离子阱，离子阱质量选择器因为其特有的空间限定特点，使其在多级质谱分析(MS-MS)中占据了重要的地位。除轨道离子阱，离子阱的工作压力通常为10e-3Pa，并非高真空。目的是为了使其中的离子云能量通过与少量的气体分子碰撞而耗散，从而达到稳定状态。轨道离子阱不具备多级质谱分析的能力，但其解析度可高达280000，可以分辨中子与质子的质量差。
已有多种形式的离子阱使用，但常见的有两种形式：一种是后面要讲到的离子回旋共振技术，另一种是下述的较简单的离子阱。
图21-10是离子阱的一种典型构造及示意图，由一环形电极再加上下各一的端罩电极构成。以端罩电极接地，在环电极上施以变化的射频电压，此时处于阱中具有合适的m/z加的离子将在环中指定的轨道上稳定旋转，若增加该电压，则较重离子转至指定稳定轨道，而轻些的离子将偏出轨道并与环电极发生碰撞。当一组由电离源（化学电离源或电子轰击源）产生的离子由上端小孔中进入阱中后，射频电压开始扫描，陷入阱中离子的轨道则会依次发生变化而从底端离开环电极腔，从而被检测器检测。这种离子阱结构简单、成本低且易于操作，已用于GC－MS联用装置用于m／Z 200－2000的分子分析。
