尽管交链孢霉毒素通常与明显受到黑斑病感染的水果和蔬菜有关，但在小麦、黑麦、高粱、大米甚至烟草等作物中也能发现该类毒素。
研究已经发现交链孢霉毒素具有急性和慢性毒性，从而对动物和人类的健康构成威胁。在由交链孢霉属物种产生的毒素中，人们研究最多的是交链孢菌酮酸，其主要特征是能抑制蛋白质合成，从而产生抗肿瘤、抗病毒和抗菌活性。大多数其他交链孢霉毒素在哺乳动物中显示出细胞毒性，其中一些具有致突性（例如ATX），而其他的如交链孢酚和交链孢酚单甲醚则会毒害胎儿。
目前没有为交链孢霉毒素设定任何准则或法定限量。迄今为止，人们普遍认为它们出现在食品中的几率非常低，因此人类暴露的风险比较有限。不过目前人们正在收集相关的风险评估数据，并且正在开发基于液质联用（LC-MS）平台检测交链孢霉毒素的方法。
近年来我国也针对该类毒素进行了全国范围内的普查，作为日后监管的数据基础。
