健康的活羊组织内部是无菌的，但是其腔道及体表都存在微生物，屠宰过程在空气中进行，因此，宰杀、放血、脱毛、去皮及内脏、分割等环节就可造成微生物的多次污染。常见的污染类群如下：
1、腐生性微生物；
2、病原性微生物（兽医马虎、漏检时），如结核杆菌、布鲁氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、炭疽杆菌等；在冲洗车间可以被洗掉部分，但是还有大量残留。
工人生产过程中的细菌灭杀
目前，羊的屠宰与加工工艺已经逐渐步入规范化轨道，向规模化、机械化方向发展，对于车间环境的消毒更严格。由于，羊肉食品的安全是一个系统工程，环节众多，控制过程复杂，这就要求工作人员利用先进的杀菌技术控制整个生产过程的微生物，熟练掌握基本操作技能，才能生产出安全、绿色的羊肉。才能保证向消费者提供更优质的羊肉及其他羊产品。
这样，在羊胴体的分割车间必须要求在工人上班的时候利用动态杀菌技术，在工人下班的时候有臭氧或紫外线杀菌；保证车间环境时时不间断灭菌。
生产环节的交叉污染
1、化学药物的残留，如车辆进入屠宰场时所使用3%的火碱消毒、羊圈的过氧乙酸来消毒、地面的二氧化氯消毒等等，都有可能残留；
2、屠宰、分割刀具的消毒不彻底，或化学制剂的残留；
3、中央空调系统的二次污染，在空调的串联下，雕肛、出腔、出白脏、白脏检验、出红脏、红脏检验、修整、冲刷等车间都有可能形成二次污染；
4、下水道系统形成的污染，主要是由于下水道设计不合理，倒其形成；
5、人员的相互交叉感染，由于工作人员消毒不彻底或乱串岗位归来后消毒不彻底造成。
