1.轮作。芹菜软腐病主要通过土壤等传播，重茬地的土壤中易积累大量的病菌，连茬势必易发病和加重病情。所以，应实行两年以上的轮作。
2.栽培管理。由于软腐病菌首先是从植株的伤口处侵入，因此，植株伤口是发病的重要因素之一。在定植、中耕、除草等各种操作过程中，应避免伤根或使植株造成伤口，及时配合喷施新高脂膜可防病菌侵入。定植不宜过深，培土不应过高，以免叶柄埋入土中；雨后及时排水；发现病株及时清除，并撒入石灰等消毒；发病期减少或停止浇水，防止大水漫灌。
3.及时防虫。昆虫也能在植株上造成伤口，导致发病。所以，应及时防虫。
4.药剂防治。发病初期就开始喷施新高脂膜500倍液配合72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂或新植霉素3000－4000倍液或14%络氨铜水剂350倍液或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500－600倍液，每7－10天喷1次，连续喷3－5次。
