一、症状识别。主要发生于稻株下部叶鞘和茎秆，最初在近水面的叶鞘上产生黑褐色小病斑，逐渐向上扩展成黑色细条状、纺锤形或椭圆形病斑，可扩大到整个叶鞘。病菌菌丝侵入叶鞘内部茎杆；在茎杆上形成黑色线条状病斑，病重的茎杆基部变黑，最后茎秆腐烂，软化倒伏，使谷粒干秕变白。
发病后期叶鞘和茎秆内部，可见灰白色菌丝和黑褐色菌核。核菌的分生孢子也可直接侵害穗部，引起穗枯。
二、病原鉴定。在黑龙江省引起秆腐菌核病的病原菌主要为小球菌核菌，属于半知菌亚门，丝孢目，双曲孢属的（稻双曲孢菌）真菌引起。该菌在水稻叶鞘的病斑上或浮出的菌核上长出稀疏不分枝、深褐色的分生孢子梗，其上产生新月形的分生孢子，一般有3个隔膜，中间两个细胞较大，暗褐色，两端细胞较小，淡褐色或无色，大小为41-63微米×11-15微米。
菌核黑色，球形，表面光滑，直径约为0.25毫米，剖视菌核有内外两层，内层淡褐色，外层黑褐色。
三、侵染循环。病菌以菌核在病稻桩、病稻草上或散落在土壤中越冬、来年春天灌水后，菌核则浮于水面，插秧后就浮着在近水面的稻株叶鞘上，温、湿度适宜、菌核萌发产生菌丝直接穿透叶鞘表皮或从伤口侵入。菌丝在鞘内向上、下或深层扩展，引起发病。病菌可在叶鞘上形成菌丝或菌丝块，可与临近健株接触而感染，呈水平扩展。
病斑或水面上菌核产生的分生孢子，借风雨、灌溉水和飞虱、叶蝉等害虫的活动而传播。菌丝和菌丝块还可随土壤和病残体的移动使病害扩展，尤其灌溉水、水田机械以及人工在田间作业等进行再侵染。发病后期在叶鞘和茎秆内形成大量菌核，水稻收割后脱落于稻田内，或在残留稻桩内仍继续产生菌核，成为来年发病的初侵染源。
四、发病条件。⑴菌源数量：越冬菌源的多少是发病的主因，尤其稻田土壤中和稻桩内的菌核多，发病重。⑵传播途径：菌核小而多，传播机会也多，如水田机械作业（翻、旋、耙、平地或机械插秧、收割、脱谷等）或人工作业（修池埂、插秧、施肥、喷药、拔草等）将泥土中菌核从有病田传入无病田。
此外，灌溉水也可将漂浮于水面的菌核从有病田传入无病田。
五、施肥与灌溉。⑴施肥：稻田内施用氮肥过多或过迟以及缺少磷、钾肥，稻株抗性弱、均可加重病情。⑵灌溉：一般采用深灌，后期断水过早的稻田或长期深水灌溉及排出不良的稻田，水稻抗病力弱，发病较重。⑶害虫：稻田内飞虱、叶蝉数量多，危害重，尤其造成的伤口多，有利于病菌的传播和侵入，使病害加重。⑷品种：经调查，尚无免疫或高抗品种，但品种间抗病性差异较大，抗病品种有垦稻8号、垦95-295、绥粳3号。
六、调查方法。调查方法通过7月上旬在稻田调查，首先明确不同病情的稻田，并根据不同病情采取不同防治方法。根据病情（包括菌核），一般可分为三种类型的田块：
1、无病田指尚未发现秆腐菌核病的田块。
2、轻病田指病株率低，未见倒伏病株，病株基部1-2节茎秆空腔内菌核少。
3、重病田指病株率高，已见倒伏病株，病株基部1-2节茎秆空腔内菌核多。
七、防治方法如下
1、对于无病田应杜绝菌源。对尚未发病的稻田，坚决禁止菌源（菌核）的传入。⑴种子清选。防止菌核和病残体混杂在种子间，应通过风选或机选，将病菌（菌核）淘汰出去，如用清水清选亦可。⑵严禁病残体进入新稻田与苗床接触，坚决不用有病稻田土壤进行育苗。⑶禁用有病稻田水灌溉无病稻田水。⑷机械作业时，应从无病稻田开始，然后再进入有病稻田（最好无病稻田有专用机械）。⑸人工在田间作业时，亦应先在无病田进行，然后再进入有病田作业。
2、对于轻病田应做到：⑴打捞菌核。第二年插秧前，在整平土地灌水以后，尽量打捞混杂在“浪渣”内，被风吹到田间或田角的菌核和病残体可用打捞工具打捞“浪渣”，并带出田外深埋或凉干后烧掉。⑵坚决防止机械、人工以及灌水的传播。⑶齐泥割稻：即紧贴地面进行收割，防止稻茬内菌核落入稻田。将收割的稻株在远离稻田处进行脱谷，将病残体销毁。
3、对于重病田，除无病田和轻病田防治方法外尚应进行药剂防治与轮作。⑴药剂防治：①25%施保克（咪鲜胺）乳油，每公顷1125-1500毫升，加水喷雾；②40%多菌灵悬浮剂，每公顷1500毫升，或50%多菌灵可湿性粉剂每公顷1500克，加水喷雾。喷药重点为稻株基部1-2节，要求做到每穴所有稻株基部均要喷得均匀、周到。⑵轮作：对减产严重的重病田应采取两年以上水旱轮作，即改种两年旱作（如大豆、小麦等）。
