HACCP体系涵盖了食品从农场到餐桌的全过程，HACCP管理体系的核心是将食品质量的管理贯穿于食品从原料到成品的整个生产过程当中，侧重于预防性监控，不依赖于对最终产品进行检验，打破了传统检验结果滞后的缺点，从而将危害消除或降低到最低限度。
HACCP系统运行时充分利用了检验手段，对生产流程中各个环节进行抽样检测和有效分析，预测食品污染的原因，从而提出危害关键控制点（包括能保证控制有害事故发生的CCP1，和能最大限度减少事故发生但不能对危害事故控制的CCP2）及危害等级，再根据危害关键控制点提出控制项目（这些因素通常指温度、时间、湿度、水分活度、pH、可滴定酸、氯浓度、粘度等）、控制标准（管理关键限值）、检测方法、监控方法以及纠正的措施。
通过采取这些相应的措施，从而预防了危害的发生。同时也能将正确的措施及时反馈到工艺流程中，如此循环反馈、改进，不断提高。同时能对每一个关键控制点的操作进行日常监测，并记录所有检测结果，建立准确可靠的档案资料系统和检查HACCP体系工作状况的程序，出现问题有据可查。然而，目前部分食品企业实施HACCP体系过程中还存在着一些值得注意的问题。
1、片面依赖实验室检测，而不能有效利用已有的食品特性资料和食源性疾病资料
事实上目前比较传统的确定CCP的方法仍是通过分析微生物在加工过程中的消长规律来判断该步骤是否可以消除危害，因此很多食品企业在建立HACCP系统过程中，往往是以食品生产、加工过程不同环节的实验室检测结果为依据进行危害分析。
实际上食品安全工作者多年来已通过对各类食品的安全性评价积累了大量的食品理化特性和污染水平资料，在建立HACCP系统时，完全可以借鉴这些已有的资料，避免重复劳动和不必要的资源浪费。特别是在我国很多食品企业实验室检测条件不充分的情况下，完全可以利用同类食品的相关资料，作为本企业危害分析的参考，而实验室的检测工作可以作为HACCP系统实验室模拟验证或体系整体效果验证的内容。
2、只注重控制微生物污染，而缺乏有效的控制化学性污染措施
在食品企业HACCP系统对微生物危害的分析应当是重点考虑的内容，但是现在环境污染因素日趋复杂化，农药、重金属残留等化学污染物及各类食品添加剂的使用，都成为食品中的外来污染因素，HACCP体系中也应纳入对这些危害的控制。对于生产过程中添加的或残留的化学物质可以制定有针对性的控制措施，但是如果化学污染来自于原料，则很难进行控制。目前许多企业都把原料采购作为关键控制点，控制措施定为索取供应商的原料检验报告，表面看似乎能控制污染，但在实际应用中可操作性很差，往往流于形式。这个问题的根本解决措施
就是建立从农田’牧场’渔场到生产企业的整体HACCP系统，把原料控制真正从源头解决。这一工作需要原料生产（供应）企业和食品加工企业的共同参与，协同工作，也需要各环节的企业管理人员给予充分的重视。
3、缺乏产品描述阶段的内容，使危害分析没有依据
HACCP工作的任务之一就是对实施HACCP系统管理的产品进行描述。对产品的描述可以更清楚地认识产品的理化特性、保存方式、预期消费人群及相关食源性疾病的资料，这些资料都是进行危害分析的基础，只有深入了解上述特性，才能有针对性地分析产品存在的危害从而确定关键控制点。
4、未能深入理解通过危害分析判断关键控制点的方法而错误选择HACCP
在确定关键控制点的方法上CAC的《HACCP系统应用指南》推荐了“关键控制点判定树”的逻辑推理方法。这一方法的很重要一环是，如果有危害存在且可能超过可接受水平，在后续的加工步骤是否可以彻底控制危害。如果以后的步骤可以彻底控制危害，则该步骤不应是CCP，反之才是 CCP。千万不能在没有对这一逻辑判断条件进行深入理解的情况下，仅靠经验和主观意愿，认为哪个环节重要，就把那一环节设为CCP，导致对同一项危害重复设立关键控制点，随意性较大，没有达到有效利用资源的目的。
5、许多关键控制点缺乏快速、可操作的监控措施
HACCP系统管理的对时效性和经济性要求很高，因为在生产线上没有时间进行费时的分析化验，绝大多数关键控制点的监控程序需要快速完成。系统中需要监控的指标都应是通过简便、快速的检验方法可以得到的，如温度变化、湿度变化、pH值等，杀菌的温度和时间就是杀菌环节的关键限值。但很多企业在建立HACCP系统时忽略了这一特性，把许多不易观察、不易现场纠正的控制措施作为关键控制措施，所设立的关键限值也往往难以在短时间内测量，不能体现时效性。
6、把重点放在危害分析和确定关键控制点上，忽视监控、纠偏和验证程序
监控程序不仅可以发现关键控制点是否失控，还能提供必要的信息，以及时调整生产过程，防止超出关键限值。对每一个关键控制点都应当建立相应的纠偏措施，以便在监控出现偏差时实施。纠偏措施还包括发生偏差时对受影响食品的处理、验证和审查，包括随机抽样及化验分析，可确定HACCP是否正确运行。在一个成熟的HACCP系统中，监控和纠偏是随着生产过程实时存在的，一旦通过监控发现偏差，就应及时纠正。
7、缺乏完整的记录保存系统
HACCP系统应建立完整的文件记录保存体系，包括危害分析工作单、HACCP计划表、对关键控制点的监控记录、纠偏措施和验证记录等。管理者通过查阅记录可以真实地了解HACCP的运转情况，在发生食品污染事故时也可以根据记录准确追踪污染源，以便对系统进行改进和完善。完善、有序的记录保存系统是HACCP系统完整性的直接反映。
综上所述，HACCP体系决不是按照要求建立起来就完事，其建立与执行是一个系统的、长期的过程。只有依据每个企业自身的实际状况，解决好上述提出的问题，才能使质量体系符合实际并能发挥应有的作用，确实保证体系运作，最终保证产品的质量。
