1、有些临床常用药物药敏试验中没有
例：头孢哌酮/舒巴坦为广谱抗菌药物，主要用于治疗革兰氏阴性杆菌，如大肠埃希菌等。CLSI规定其对肠杆菌科细菌的判定折点为≤15耐药，≥21敏感，所以我们将其加入到肠杆菌科细菌药敏谱中，但由于头孢哌酮/舒巴坦对葡萄球菌等革兰氏阳性球菌CLSI没有判定折点，所以无法判定其对于葡萄球菌敏感或是耐药，也不应该加入葡萄球菌药敏试验中。
2、 有些新药没有列入药敏谱
首先，新药由于刚刚推广，还没有列入CLSI的监测范畴，没有依据加以判断。其次，药敏谱中各类各代抗生素都具有一定代表性，不能面面俱到，如喹诺酮类二代抗菌药物环丙沙星在药敏试验中敏感，那么对于三代超光谱抗生素左氧氟沙星、司帕沙星等临床医生可根据需要加以选择。
3、 细菌的天然耐药
有些菌属或菌种对某些抗菌药物天然耐药或固有耐药，该耐药性具有种属特异性。
⑴ 肠球菌：对除青霉素、氨苄西林以外的所有青霉素类、头孢 菌素类抗生素天然耐药。
⑵ 嗜麦芽窄食单胞菌：对亚胺培南（泰能）、美罗培南天然耐药。
⑶ 肺炎链球菌：对氨基糖苷类抗生素天然耐药。
⑷ 产气肠杆菌和阴沟肠杆菌：对头孢西丁天然耐药。
⑸ 克柔念珠菌：对氟康唑天然耐药。
⑹ 肺炎克雷伯菌：对氨苄西林天然耐药。
⑺ 铜绿假单胞菌：对氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林/棒酸、复 方新诺明、头孢1代、头孢2代天然耐药。
更为特殊的是，铜绿假单胞菌对三代的头孢噻肟和头孢曲松即使药敏试验敏感，在实际临床治疗中也需要超大剂量才会取得疗效，但人体对超大剂量的三代头孢不具有长时间的耐药性。铜绿假单胞菌有对很多药物的诱导耐药性，在初期可能没有表现出来，一旦接触某种抗生素，沉睡的基因被激活，耐药性表现出来，这种特性在β-内酰胺类抗生素中尤为明显，可能在体外试验敏感，在实际治疗中却无效，所以采用头孢噻肟和头孢曲松进行治疗时就要冒险，这在临床上是首先要规避的。
充分了解抗菌药物体内疗效与体外药敏试验的差异和药敏试验的局限性，意在找到一定的原因和规律性，在使用广谱抗菌药物之前，应先采集标本送检，再根据药敏试验结果和临床疗效调整给药方案，使临床应用抗菌药物趋向合理，减少用药的盲目性和随意性，提高疑难危重病人的救治成功率。
合理使用抗菌药物需要综合考虑多方面因素，绝不是一份药敏试验报告所能完全概括的，其中的临床思维和临床操作都十分复杂，要想使我们的抗生素应用更加科学、合理、有效，这需要微生物实验室和临床科室的共同努力，我们也将不断学习、更新微生物检测、试验及药理方面的知识，力争为临床科室提供更有价值的参考依据。
