主要可从下几方面进行质量控制：
1检验人员方面：实验室的检验水平与检验人员素质密切相关，业务技术水平和工作责任心是检验人员素质的核心所在。这就要求检验人员必须具备扎实的理论基础知识和熟练的操作技能，要求检验人员具备高度的工作责任心和工作热情。实验室可通过培训和继续教育、实验室间的交流，必要时进行考核等手段，来不断提高检验人员的业务水平，在实验室质量体系文件中强调检验人员工作责任心的重要性，通过制定的奖惩制度来规范检验人员的工作行为。
2仪器设备方面：实验室所有仪器均应在检定有效期内使用，必要时还要进行期间核查。在此基础上可通过一些监控手段来确保仪器设备保持最佳性能，如高压蒸汽灭菌器，可用生物指示剂嗜热脂肪杆菌ATCC7953(2)或化学指示剂如变色胶带监视灭菌效果;需要控制温度的仪器，应在工作前和工作后做好温度的记录，不符合应及时调整;生物安全柜要定期由专业人员更换滤网，对紫外线消毒设备必须三个月检查一次其消毒性能等等。
3检验耗材方面：如培养基：目前大多数实验室都是使用市售干粉培养基，这些来自着名公司的培养基，质量比较稳定，但在购买和使用前首先要对外观色泽和均一性、pH值、水分含量、批次或批号、琼脂凝胶的硬度、选择性等进行初次评估。用质控菌株进行预测，确保培养基、试剂达到预期效果。
在使用市售培养基时应注意以下几方面：
(1)选用国内外知名品牌和信誉度好的产品;
(2)要根据培养基储存条件储存，尽量少包装;
(3)要根据日常工作需要作为计划，控制在有效期内用完;
(4)购回试剂应对品名、生产日期、保质期做好记录，检查密封性、标签牢固性;(5)在配置时应仔细检查原料，如发现结块、变色严禁使用;
(6)所有培养基要有配制称量时要有记录，把剩余培养基密闭好;
(7)严禁使用过期的、污染的、失了水的培养基。
标准菌株：必须做好明确的作业指导书，实施标准菌株的规范管理，做好菌株的传代验证，这样才能确保标准菌株在实验中应起的作用等等。
4样品采集方面：因样品采集并非实验人员进行，样本采集是否合格规范要求，是实验成败的又一关键因素。因此，从事食品微生物检验的工作人员，要注意加强与采样人员的沟通，向样品采集者讲解采集样本的方法、要求，指导他们规范采集样本，如无菌要求、随机方法、种类、数量、采集部分、冷藏或保温、运送方式、安全要求等。实验室收到样本后，应仔细核对检验内容与送检单，对不符合检验要求的样本，注明原因退回。
最后，要求每个食品微生物检验工作者都应提高对微生物检验质量控制工作的认识，在日常工作中要特别重视实验室质量控制工作，以确保检验结果的准确性和权威性。要求检验人员应加强对《质量手册》和《程序文件》学习，发现问题，及时记录，作为管理体系文件的修订、补充、完善的依据。要求检验人员对实验的整个过程应在工作当时予以记录，不允许事后补记或追记。同时，管理者应防止片面重视专业理论知识和操作技能培训，轻视思想道德教育和法制观念教育，要努力打造一支思想过硬、品德高尚、专业扎实、技术精湛的食品微生物检验队伍。
