7.1 沙门氏菌
食品中沙门氏菌污染量小，常受应激损伤，不易恢复，现用检测方法得到阴性报告最少需四天，阳性报告还要延迟2-3天。研究检测沙门氏菌的探针难度大，因为它拥有2000多个血清型，还不清楚它们是否存在共同特异性的致病因子。Fillal等人从染色体序列和构建的质粒文库中分离到一个适用于沙门氏菌检测的探针。它能和沙门氏菌而不和其他微生物及样品培养基发生非特异性反应。这种用同位素标记的探针，能识别350株不同的沙门氏菌。由于该方法最小检出量只有1个细菌/25克样品，所以需要增菌培养。
AOAC最近认可了Gene-Tark沙门氏菌比色分析法。这种探针标记物为异硫氰酸荧光素（FITC），再用辣根过氧化酶标记抗FITC的抗体结合放大探针，在多聚腺苷酸尾部和多聚胸腺嘧啶侵染棒固相薄膜上杂交，对239株沙门氏菌的特异性检出率为100%,假阳性率为0.8%（BAM/AOAC培养法假阳性率是2.2%.）
7.2 李斯特杆菌
1981年首次确定它是一种食源性病原菌，1985年加尼福利亚发生爆发性流行，现用检测方法大多采用冷增菌，费时费力。
FDA于1987年最新研制出针对李斯特菌致病基因β�溶血素的探针，随后GENE-TARK研制出商品化检测李斯特菌的DNA探针，它能特异性识别细菌的16SrRNA.该探针是由人工合成的寡核苷酸，用比色法检测样品需先在LEB中培养16�22h,然后侵染比色检测，假阴性率为0.8�4.7%（常规法为1.4�2.9%.）
1989年Bessesea等运用扩增李斯特菌溶血素基因中386bp的PCR方法检测单核细胞增生型李斯特菌，DNA检测量低于25ng,即少于1000个菌体，特异性强，能检测出50株不同的单核李斯特菌，而不与12株非单核李斯特菌和12种非李斯特菌属的细菌发生反应。
7.3 弧菌
关于用DNA探针检测溶血性弧菌中溶血基因的报导很多。国外对DNA探针和单克隆抗体法在检测鞭毛抗原方面作了比较，结果发现DNA探针法阳性检出率高。近年来用PCR扩增DNA片段，再做探针检测，能检出新鲜龙虾仁中的弧菌，检测敏感性为10个细菌/克，但要用凝胶电泳进一步鉴定。因此，不太合适检测食品。1989年Olive构建了一个热稳定溶血素基因的寡核苷酸DNA探针检测付溶血弧菌。
7.4 志贺氏菌
目前志贺氏菌检测方法存在着质粒容易丢失和受内源菌干扰的问题。用核酸探针检测可克服上述缺陷。现采用人工合成32P标记的寡核苷酸探针在固定薄膜上做菌落杂交检测志贺氏菌和侵袭性大肠杆菌（EIEC），也有人用PCR扩增技术检测志贺氏菌和（EIEC）。PCR扩增前需将福氏痢疾菌扩增培养到10000个/ml,增菌后检测需6�7小时才能得到结果。敏感性为≤1个细菌/克。但PCR扩增后需做凝胶电泳进一步鉴定，对常规检测来讲太繁琐。
7.5 耶尔森氏菌
Hill等研制出针对同耶尔森氏菌侵袭性质粒有关的DNA探针。用菌落杂交法对人工污染食品所做试验敏感性明显地受内源菌的影响。近年来，有人人工合成了一个24bp的寡核苷酸探针。它是针对侵袭性质粒DNA中一部分的探针，用它检测各种食品中耶尔森氏菌，发现，尽管无法区分无毒菌株且检测限量不理想，但能检测出10000-100000个细菌/克样品。样品中内源性细菌对试验方法没干扰。1989年Feng.P等研制针对由染色体编码的耶尔森氏菌侵袭性基因的DNA探针。
7.6 弯曲杆菌
检测弯曲杆菌的探针是用非放射性物质标记的。标记物为发光素。靶顺序为rRNA.近来用碱性磷酸酶标记人工合成的寡核苷酸检测人工污染的粪便样品，检测量为100000个菌落形成单位（CFU），敏感性和特异性达100%.
探针对空肠弯曲杆菌的最低检测量为20000至800000个活菌。由于粪便成分复杂，影响敏感性，此方法只在临床检测中应用，尚未用于食品检测。
7.7 葡萄球菌
大多数检测葡萄球菌的探针是针对肠毒素的。它们能同编码肠毒素有关的基因序列杂交，这类探针能检测肠毒素A、B、C和E.
最近，GeneTark推出检测金黄色葡萄球菌的探针，能半定量样品中的葡萄球菌，尚未得到AOAC的认可。方法采用侵染棒比色法，探针检测的基因序列是23srRNA.敏感性100%,假阳性率为9.3%,人工污染样品中没有假阳性结果发生。
7.8 假单胞菌属
亦已研制出能检测从肉品中分离到的DNA基因序列相似的假单胞菌的DNA探针。
7.9 大肠杆菌
大肠杆菌是食品和水源污染粪便的指示菌。Gene�Tark研制出用侵染棒检测大肠杆菌中16srRNA的探针。样品需前增菌处理，以异硫氰荧光素（FITC）标记探针，再用辣根过氧化物酶标记抗FITC抗体检测杂交复合物。Hsu等报导方法特异性（除相近的志贺氏菌外）达100%,假阳性率为1.2%（目前使用的BNM/AOAC法为23.4%）。
七十年代人们认识到，E.coli中某些血清型是致病菌，可作为粪便污染的指示菌。用DNA探针检测大肠杆菌肠毒素于1984年得到AOAC的认可。近来研究出用PCR法检测不耐热肠毒素的方法，它可以编码不耐热肠毒素基因序列为引物，用PCR法扩增相应的DNA片段，不扩增耐热肠毒素基因。检测量为20个E.coli/100ul.Sander等构建了一个能检测产生与志贺氏菌毒素相同毒素的大肠杆菌菌株（SLTEC）的探针。增菌后能检测牛肉和其它食品中是否存有SLTEC.1990年Feng.P等研制出大肠杆菌GUD（β-葡萄糖醛酸酶）基因的探针，GUD是AOAC认可的MUG（4-甲基伞形酮-β- D-葡萄糖醛酸），试验中检测的酶，现用PCR法扩增GUD基因，再用DNA探针杂交。MUG试验（即MUG在GUD作用下释放出4-甲基-7-羟香豆素，它在长波紫外光照射下产生兰色荧光）存在的问题是大肠杆菌中发现有MUG阴性分离物，包括大肠杆菌O157:H7血清型的所有菌株，而DNA探针证实GUD基因存在于所有大肠杆菌，包括O157:H7和志贺氏菌菌株中。MUG阴性菌株是由于GUD活性受到分解代谢产物的抑制。Kaspar等报导GUD抗体能和3/4MUG阴性菌株的提取物反应。这表明某些菌株是能产生GUD的，但没有活性，这可能是因为底物无法进入某些菌株细胞内或产物（4-甲基-7-羟香豆素）不能释放到外界中。因此使用GUD探针检测E.coli比MUG试验准确。
7.10 病毒
每年因病毒引起的食物中毒约占2�12%,如1982年Norwalk病毒引起美国5000人患肠胃炎，此外凸隆病毒、柯萨奇病毒、萼状病毒和细小病毒也都能引起爆发性肠胃炎。很久以来人们就发现食品中存在致病性病毒，但对它们的检测方法报导甚少。
食品中病毒检测与临床病毒检测不同。因为每克粪样中约含几千万个病毒粒子，而食品中仅有一个病毒粒子就会引起疾病。尽管如此，要造成对人的危害，尚需摄入成千上万的病毒粒子。为保证人类健康，更精确评价病毒污染食品的程度，只有用DNA探针技术才能实现这一目的。
对市售食品中病毒种类尚缺乏足够的研究，大部分学者只注重对肠道病毒、脊髓灰质炎病毒的研究，其它病毒因方法问题尚未详细报导。即便食品中含有病毒，由于它们数量少，难以从样品中分离和在细胞上复制，实际上低估了食品中病毒的种类。目前的检测方法，需要把病毒沉淀，在细胞和动物上复制验证。DNA探针技术已用于检测凸隆病毒、腺病毒和细小病毒，但还没有用在食品检测上。很难获得足够数量的病毒粒子大大限制了DNA探针技术在检测病毒上的应用。空斑杂交技术缺乏足够的敏感性，而且需事先用PCR扩增DNA片段，它只能用于检测纯培养的病毒。
FDA用合成的DNA探针检测因食用贝类食品引起肠炎患者粪样中的细小病毒，还用DNA探测环境样品中的甲肝病毒。但尚未发现用探针检测Norwalk病毒的报导。
四、病原微生物的自动化系统
近年来，随着计算机技术的不断发展，对病原微生物的鉴定技术朝着微量化、系列化、自动化的方向发展，从而开辟了微生物检测与鉴定的新领域。最有代表性的是AMS微生物自动分析系统。
AMS为美国VITEK厂产品，属于自动化程度高的仪器，由7个部件组成应用一系列小的多孔的聚苯乙烯卡片进行测试，卡片含有干燥的抗菌药物和生化基质，可用于不同的用途，卡片用后可弃去。
操作时，先制备一定浓度的欲鉴定菌株的菌悬液，然后将菌悬液接种到各种细菌的小卡上，将其放入具有读数功能的孵箱内，每隔一定时间，仪器会自动检测培养基的发酵情况，并换算成能被计算机所接受的生物编码。最后由计算机判定，打印出鉴定结果。
该套系统检测卡片为14种，每一种鉴定卡片要含有25种以上的生化反应指标，基本同常规检测鉴定，检测所需时间4-8小时，最长不超过20小时。
