主要区别在于认证依据的标准不同。
1、这些标准的主要区别在农药化肥使用量不同，简单说就是有机产品中禁止使用人工合成的化肥、激素和农药，绿色食品要减少使用农药和化肥，获得无公害认证的产品不使用国家禁止使用的农药和化肥。
2、对基因工程和辐射技术的要求：有机食品不允许使用基因工程技术和辐射技术；其它食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如绿色食品对基因工程技术和辐射技术的使用就未作规定。
3、认证标志不一样：有机食品分为：有机食品和有机转换食品。绿色食品分为：a级、aa级。而无公害食品不分类。
4、无公害产品主要以初级产品为主，如猪肉、鸡蛋、大米、蔬菜、水果、鱼类产品等未经加工产品；绿色食品中加工产品较多，如牛奶及奶制品、葡萄酒、饮料、蔬菜、水果及初加工品、肉制品；有机食品则以蔬菜、水果、茶叶、蜂蜜为主。
总体而言：纯天然的程度和质量等级：有机食品最好，其次是绿色食品。
