目前，番茄皮渣的传统保存方法有：自然晾干、10%食盐贮存、自然窖贮，这几种贮存方法都有其弊端。
自然晾干：新鲜番茄皮渣水分含量大，营养丰富，非常适合微生物生长，在晾晒的过程中，极容易发霉变质，产生霉菌毒素，不但造成原料损失，而且如果用这样保存方法处理的番茄皮渣做饲料，还会影响家畜的生产性能和健康，严重者出现下痢或死亡。
10%食盐保存：不仅成本太高，而且10%的高盐分不能干制作为饲料原料，高盐分的番茄皮渣可能会引起牲畜中毒。
自然窖贮：虽然能暂时保存番茄皮渣不腐烂，但是一旦打开窖后，有害菌又会大量生长，番茄皮渣就会很快变臭，所以自然窖贮的番茄皮渣也不能作为饲料原料.
成熟的番茄皮渣量产保存方法。
番茄皮渣微生物保存是一种安全、健康、高效的保存方法，它是利用乳酸菌发酵， 产生大量乳酸、细菌素等抑菌物质，从而抑制或杀死有害菌，使新鲜番茄皮渣可以长期保存。经过微生物保存技术处理后的番茄皮渣颜色鲜艳，保留新鲜番茄的味 道，而且在晾晒的过程中不容易发霉变质，可以在天气比较好的条件下晒干，而节省烘干成本。
微生物保存方法与传统保存方法对比
微生物保存
1.保存成本低，保存效果好，营养价值高，安全性高；
2.保存过程中大量水分被排出；
3.容易晾干或烘干，在加工过程中不会变质发臭，不需要频繁地翻晒。
4.可作为优质饲料原料
自然晾晒
1.晾干成本低，但是不容易晾干，需要人工频繁的翻晒；
2.晾晒过程中容易发霉变质，产生霉菌毒素；
3.安全性低，如果饲喂了发霉的番茄皮渣，会影响家畜的生产性能和健康，严重 者出现下痢或死亡。
10%食盐保存
1.保存成本高，保存效果好；
2.不适合做饲料原料，高盐分的番茄皮渣可能会引起牲畜中毒。
自然窖贮
1.保存效果可以，但是开窖后会很快变质发臭，影响适口性；
2. 安全性低，容易发霉变质；
3. 不适合晾晒，晾晒过程中过程中会变质发臭；
微生物保存番茄皮渣应用价值极高，不但解决了低成本、大批量保存新鲜番茄皮渣的生产技术，而且提高了番茄皮渣的安全性和利用价值，同时也解决了环境污染问题，经济效益和社会效益可观。
