畜禽粪可以重新成为饲料循环利用，进而节约粮食、降低养殖成本已经被人们广泛认识。这是因为动物对饲料中的各种营养成分不能完全消化吸收。一般来说，比较理想的循环模式是：鸡粪喂猪，猪粪喂牛，牛粪施于稻田既喂鱼又改良土壤，这样，每一次循环，都能基本保证动物对营养的需求。然而，这一有效的循环利用模式长期以来一直被至少两个问题所困扰。一是染上疾病的动物的粪便因含有病原菌，容易造成疾病的重复感染；二是粪便异味不易完全去除影响动物的适口性。EM原液对于畜禽粪的循环利用所面临的问题可谓迎刃而解。EM在处理畜禽粪的过程中不仅可以消灭病原菌，甚至苍蝇、蚊子亦不可能在有EM原液的粪便里滋生繁殖，经过EM原液发酵处理后的畜禽粪臭味全无，而且还会发出动物喜食的喷香味儿。此外，最令那些对EM原液充满兴趣的人们发现，EM原液在畜禽粪以及动物消化道内生长繁殖的结果，能够合成大量糖类、淀粉类、氨基酸、蛋白质类等营养物质，能够生成大量生物活性物质如维生素、各种消化酶、代谢酶以及内分泌激素，就是说，EM原液一方面提高畜禽粪的应用价值，另一方面调整和提高动物各器官的功能，提高营养转化率，发挥双向调节作用。
EM菌发酵畜禽粪便
具体方法是：比例为畜禽粪(1000)：EM原液(3～5公斤)：红糖(1～2)：水(300)。先将30℃左右温水融化红糖，再按比例加水和EM原液，和畜禽粪充分搅拌均匀后，压紧密封厌氧发酵，夏季3至4天，冬季8至10天，发酵成功的畜禽粪没有异味，松软柔和，有些芳香味。这种方法适用于所有动物的粪便处理。
EM原液1公斤，可以处理300公斤畜禽粪。由于畜禽粪往往水份较多，含水量远远超过30%，有的甚至达到90%，因此，在发酵处理时，应先加入糖、麦麸、草粉、各种秸秆粉等，使畜禽粪干燥后再使用EM原液，水份太大，发酵不会成功。处理后的畜禽粪既可以作饲料，也可以作肥料。
