反相色谱（ RPC）是高效液相色谱HPLC最受欢迎的一个应用，尤其对蛋白的表征非常有用。因为样品的洗脱与其增水性有很大关系，一般不可能在洗脱时间（体积）的基础上识别被分离的样品。通常，每一洗脱片段都必须用其它技术进行进一步的分离和分析，才能得到蛋白质分子的分子行为表征。
在 HPLC系统的基础上，加上一台miniDAWN或DAWN检测器，会大大简化蛋白的表征，可以直接测绝对分子量并可观察溶液中的蛋白特性。
图 1是轻度氧化的基本纤维原细胞增长因子（bFGF）（由0.2当量的DTNB制成）的色谱图。前两个峰的光散射信号大约是UV信号的两倍，而第三个峰两者的信号强度相等。从图上很清楚地看出，从左到右三个峰，其中两个是两种二聚体，一个是单体bFGF，它们的分子量分别是33K，34K，17K道尔顿。
图 2是四个不同组分的分子量对洗脱体积图，每一组分都有不同程度的氧化。很明显，存在着二聚体、三聚体、四聚体，但出现的顺序和洗脱体积的顺序不一致。
采用的系统是 HPLC，包括HP 1050四元泵、脱气机、自动进样器，UV二极管阵列检测器和一台miniDAWN。一根Vydac C4蛋白柱。（150mm×4.6mm,300埃），流速0.7ml/min.
miniDAWN可对每个洗脱峰进行绝对表征，另外，还可测得每一洗脱片段的均方根旋转半径。例如：对bFGF五聚体，其旋转半径大约为13纳米，表明分子量85K道尔顿的多聚体是棒状结构的构型。
只要在反相色谱 RPC上加一台miniDAWN就可对每一洗脱片段测量绝对分子量、多聚体的形状、分子尺寸 、分子构型。
