全新timsTOF Pro质谱特别有利于定量蛋白质组学工作流程。目前这款创新的TIMS-powered的四极杆飞行时间质谱仪（QTOF-MS）由MaxQuant/Perseus和PEAKS Studio蛋白质组学分析软件支持。
timsTOF Pro捕集离子淌度质谱
独特的前端TIMS分析器针对更高速度的鸟枪法蛋白质组学进行了优化，能从较小样品量中获得突出的鉴定效果。其独特的双TIMS排列允许离子在第一个TIMS部分中进行累积，然后在第二个TIMS中根据淌度进行分离，经过分离后的离子继续用于MS/MS碎裂。随后重复该步骤，在该过程中，当第二个TIMS进行分离时，第一个TIMS也同时在平行的累积离子，这样可以实现近乎100％的离子利用率。使用这种PASEF技术可以为纳升LCMS分析酶解蛋白质混合物的工作提供优异的稳定性。
PASEF技术代表了性能的改进，因为它提为鸟枪法蛋白质组学提供了更高的灵敏度和更快的速度，并且不损失质量分辨率。在鸟枪法蛋白质组中经常使用的基于傅立叶变换的质谱，存在着提高扫描速度会降低质谱分辨率的问题。而现在PASEF技术解决了这个问题，凭借近100％的离子利用率，可以在母离子和子离子扫描过程中，在保持质谱超高分辨率的同时获得更高的灵敏度。这种PASEF技术使timsTOF Pro成为科学家们的得力工具。可帮助他们对复杂样品的分子机制进行更深入的研究、提高发现低丰度生物学重要蛋白质的可能性；在转化医学、临床蛋白质组学研究中进行大批量验证和纵向研究。
定量蛋白质组学是蛋白质组学研究的一个关键领域。与传统的基于门控技术、时间串联技术和傅立叶变换技术的质谱相比，双TIMS-powered的PASEF技术具备显着的优势。新的timsTOF Pro在低上样量（100-200ng）的情况下超过四个数量级的动态范围。使其适用于小细胞群体的蛋白质组学和生物研究和临床研究中经常遇到的低丰度样品。
德国 Max Planck Institute of Biochemistry的蛋白质组学和信号转导系主任Matthias Mann 说：“我的实验室与布鲁克合作开发PASEF技术，我们很高兴看到timsTOF Pro实现了我们最初设想的鸟枪法蛋白质组学的潜力。这种新技术有可能革新蛋白质组学的几个领域：在需要运行大批量样品中确保速度和稳定性的临床研究；需要增加灵敏度的应用，例如磷酸化多肽的富集实验或数量有限的待分析细胞；使用同位素标签的定量实验，由于附加的离子淌度至少能部分去除由共洗脱峰带来的污染物，从而避免了由污染物带来的同位素抑制效应和由此产生的误差。我们同时也对该技术进一步发展的潜力感到非常兴奋。”
布鲁克道尔顿Omics解决方案副总裁Gary Kruppa说：“蛋白质组学研究人员总是希望提高速度、灵敏度和定量能力，同时保持高分辨率、精确质量和真实同位素峰型的优势，从而可以深入地研究蛋白质组学。使用PASEF技术，科学家们现在无需权衡分辨率、扫描速度和灵敏度，他们可以通过TIMS前体离子选择获得高灵敏度、高扫描速度和无与伦比的特异性三重效果。这些特点的结合超出了非TIMS质谱仪的性能范围，为发现低丰度蛋白质提供了令人兴奋的可能性。”
Max Planck Institute of Biochemistry的计算系统生物化学小组组长Juergen Cox评论说：“布鲁克决定采用开放文件格式，以便我们可以直接使用原始数据，这将有利于使用MaxQuant和Perseus的蛋白质组学研究人员。 我们对现有的数据非常满意，并期待与布鲁克合作支持共同的客户，通过最先进的软件对于在基于PASEF技术的timsTOF Pro质谱仪上采集的数据进行分析和统计验证。”
